2003年

　　1. 貫徹“三個代表”重要思想，突出“生產第一要務”觀點，國內自行完成施工產值首次突破30億元。
　　2.加大科技投入，研制成水下整平機、GPS定位系統、高性能砼和大管樁新品種等 。三航局召開第十一屆科技大會，首次評選表彰科技帶頭人及優秀科技工作者、崗位技術能手，在全局形成濃厚的科技氛圍。
　　3.為了適應特大型外海水工項目的建設要求，三航局投資建造了國內最高的打樁15號、16號船。
　　4.管理模式有了重大突破，三航局直接管理東海大橋、杭州灣跨海大橋項目部。資質就位后，制定并實施對分公司授權經營和管理的暫行辦法。
　　5.中國港灣工程學院、中港集團工程結構重點實驗室在三航局掛牌成立。
　　6. 三航局《企業文化建設發展綱要》形成。

　　2004年

　　1.港灣院職代會全票通過改制方案；上海分公司船處與船舶公司合并。
　　2.在三航局第十三屆四次職代會上，《三航局戰略發展規劃和企業文化建設綱要（試行）》出臺。
　　3.建成國內最高的93米打樁船樁15、樁16號；樁15號在杭州灣大橋施工中創下月打樁163根的國內紀錄；添置5000噸舉力半潛駁。
　　4.施工產值首次突破50億元，工程質量管理取得重大成果。

　　2005年

　　1. 完成總產值71億元，施工產值66.2億元，經營合同額達100億元。三航局參建的三項工程獲中國建筑工程魯班獎。
　　2.上海市建筑企業首次排名，三航局位居第五。
　　3. 三航局參建的洋山深水港一期開港，為了集中管理優勢，更好參與洋山港建設，三航局洋山分公司掛牌。
　　4.通過質量環境職工健康安全貫標外審。

　　2006年

　　1.三航局改制成為中交第三航務工程局有限公司。
　　2.大管樁又研制新品種，世界最長的55米整節PHC管樁研制成功，投入生產。高強度的張拉預應力、抗彎能力強的SPHC管樁，達到國內領先、國際先進水平。兩項成果通過國家、上海市成果新產品鑒定。
　?。?拓展新的施工領域，積極參與世博工程。進入疏浚領域。施工地域也在擴大，進入北方市場。
　?。?出臺人工成本控制系統。
　?。?三航局“十一五”科技發展規劃任務確定。
　?。?三航局鐵路公司掛牌成立。
　?。? 出臺項目經理年薪分配和提高骨干船員薪酬分配的指導意見。

　　2007年

　　1.港灣院總工、副總經理時蓓玲當選黨的十七大代表。
　　2.進入鐵路施工新領域，承建哈大線伊通河特大橋工程。
　　3.從傳統的施工領域邁向高端市場，運作無錫和江陰兩個市政BT工程項目。
　　4.首次實現經營、生產突破百億元大關。