1988年
1.經交通部批準，三航局正式實行局長負責制。
2.橫向聯合，成立上海交通建設工程總承包公司、福建港口建設承包公司，提高跨領域、跨地域競爭能力。
3.3月，中國港灣建設總公司在京成立，三航局同時更名為中國港灣建設第三航務工程局。
1989年
三公司在江蘇南通石油分公司姚港碼頭改建過程中，施打從日本引進技術，預制廠生產的離心管樁，從而開創了國內水工工程采用離心管樁技術的先河。
1990年
1.強化企業管理，鞏固升級成果，提高企業素質。
2.提倡全員經營，把發展多種經營作為吸收企業富余人員的渠道。
1991年
1.二、三公司產值超億元大關。
2.開展質量安全效益年活動。
1992年
1.提出“外樹形象，內強管理”的要求，全面推廣“內部預算、切塊包干”管理辦法，實施項目法施工。
2.著手構建以“主業、境外工程、多種經營”為主體的“三元”結構生產經營體系。
3.制定《三航局深化改革轉換機制總體規劃》，確定了企業內部深化改革的指導思想、奮斗目標、實施步驟。
4.兩級機關調整撤并，精簡機構，提高辦事效率。
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